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底肥深施应同土壤耕翻作业相结合。方法有两种：①先撒肥后耕翻。要尽可能缩短化肥暴露在地表的时间，尤其对碳酸氢铵等在空气中易挥发的化肥，要做到随撒肥随耕翻，使其深埋入土。此种施肥方法可在犁前加装撒肥装置，也可使用专用撒肥机，肥带宽基本同后边犁耕幅相当。作业要求：化肥撒施均匀，施量符合作物栽培的农艺要求，耕翻后化肥埋入土壤深度大于6厘米，地表无可见的颗粒。②边耕翻边施肥。一般可对现有耕翻犁进行改造，增加排肥装置，通常将排肥导管安装在犁铧后面，随着犁铧翻垡将化肥施于垡面上或犁沟底（根据当地农艺要求的底肥深浅调整），然后犁铧翻垡覆盖，达到深施肥的目的，因而此法也称为犁沟施肥。作业要求：施肥深度大于6厘米，肥带宽度3～5厘米，排肥均匀连续，无明显断条，施肥量满足作物栽培的农艺要求。
农民种大棚，换茬前都需要施用基肥，大棚内施用基肥也是有讲究的。
(1)根据棚室年龄确定施肥种类及数量老棚与新棚基肥施用有区别。
①老棚
由于常年使用肥料，尤其是在每年蔬菜进人结果期后，大量冲施化学肥料，土壤养分含量高，在给老棚施用基肥时化肥要减量，般每亩可施复合肥 50千克左右、 粪肥20立方左右、 有机肥100于克左右。另外，还需施人生物菌肥，每亩40~60千克，用来改良土壤。
②新棚
大量施用有机肥，补充土壤中的有机质。
一是增加鸡粪等粪肥的施用量
新建棚室多是生土，有机质缺乏， 因此要大量补充有机肥，如稻壳粪、鸡粪等有机肥，可以将亩用量提高到35立方米左右。这些有机肥施用后，虽然不能迅速增加土壤中的有机质，但是可以在一定程度 上改善土壤的理化性状。
二是增施生物菌肥
新建的大棚，土壤中的各种微生物含量较少，即使将大量的鸡粪，稍亮粪等有机肥施用到大棚土壤中，也因为土壤中缺乏微生物，不能快速地将有机肥分解转化成土壤有机质，四此，在新建大棚土壤中旋用稍亮粪，鸡粪等有机肥时，一定要注意增陈生物菌肥40~70千克，以快速补充土壤中的微生物。
三是增施商品有机肥
商品有机肥的有机质含量高。可以在第一次往新建大棚土壤中施用粪肥后，结合施用商品有机肥，每亩施用500千克左右，保证蔬菜生长前期所需的营养。
首先要注意增施氮、磷、钾肥。新建大棚土壤都是生土，土壤中的氮、磷、钾含量极低，所以在施用基肥时一定要注意增施氮、磷、钾肥料。一般每亩施复合肥50千克左右。
其次，要注重中微量元素的使用。蔬菜要健康生长，不仅需要氮、磷、钾等大量元素，还需要钙、铁、硼等10余种中微量元素。新建大棚土壤中缺乏中微量元素，要注意增施钙、镁肥，可每亩施100千克钙镁磷肥或过磷酸钙等。此外，蔬菜的生长还需要铁、锰、硼、锌、铜、钥、氯等数种微量元素，可每亩施用多元素矿物肥50千克左右。
(2)根据土壤的质地合理搭配基肥在棚室生产中，土壤区别较为明显的是沙土地与黏土地，前者保水保肥能力差，后者保水保肥能力强，沙土地的肥力水平要低于黏土地。在施用基肥时，要区别对待。沙土地应增设粪肥，同时配合施用土壤改良剂，以增强土壤的保水保肥能力。黏土地透气性差，团粒结构形成少，建议通过施用稻壳鸡粪或秸秆还田等措施加以改良。
(3)根据种植作物决定施肥量不同的蔬菜种类基肥用量有差异。豆类蔬菜因其根部共生的根瘤菌具有固氮能力，所以可减少基肥中氮肥的使用量，以免发生徒长。可在每亩施用5~8立方鸡粪的基础上，配合5千克全水溶性肥料。另外，豆类蔬菜对硼、钼等微量元素需求敏感，一 旦缺乏易造成落花落荚，故可在基肥中每亩施人硼砂0.5~1.0千克、钥酸铵0.03~0.20千克；而瓜类、茄果类蔬菜需肥量大，鸡粪每亩施用量在20立米米左右，复合肥40~50千克。
(4)在施用基肥前，还要看棚内土壤是否经过土壤处理经过土壤消毒处理的地块，其中所含的有益菌数量减少，故需通过增施生物菌肥加以补充，以维持土壤微生态平衡，预防烂根、死棵发生。而尚未进行土壤消毒处理的地块，存在板结、透气性差、土传病菌多等不足，建议平衡施肥，增施菌肥，深翻土壤，解决土壤恶化等问题。
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